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循环与能量流动方面具有极其重要的作用 ，其种类组成、密度与对虾生长 与健康状况具有密切的关系。
它不仅可吸收水体中的营养盐 ，减少并消除氨氮 、亚硝酸氮 、有机污染物等多种有毒物质；
而且还可通过光合作用产氧而增加养殖水体 的溶解氧，进而保持养殖生态系统的良性循环 ，营造出健康稳定的养殖环境。
养殖前进行清淤暴晒的虾池养殖前期浮游藻类多样性低 ，随养殖时间的延长，虾池浮游微藻的多样性逐渐增加，群落结构趋于复杂和稳定，抗干扰能力提高 ；
而养殖前未进行清淤暴晒的虾池浮游藻类的多样性养殖前期高，中期降低 ，且一直保持较低的水平，平均值为 2.48，在生态学上主要表现为群落结构简单、优势种单一，从而决定了该环境中浮游微藻群落的不稳定性。
盐度是影响水生生物原生质渗透压的一个重要因素，对虾池微藻群落结构具有重要 的影响。
由于不同水域的盐度不同，变化幅度也各异 ，长期在各种盐度不同的水域中生活的浮游微藻 ，对生活环境的盐度变化均有其一定的适应范围和最适范围。
，而土池的优势种是蓝藻 ，这主要与盐度有关 ，高位池的盐度较高，有利于硅藻的繁殖 ，而不利于喜淡水的蓝藻繁殖。
通过研究采样，虾池水体盐度为 2～11，优势种主要以蓝藻为主 ，这有异 于 PEARL 和TUCKER提出 “蓝藻在盐度低于 2的水体十分常见 ，在高于5的水体为稀有种 ，在高于10的水体中消失” 的结论。
浮游微藻的生长与繁殖对氮、磷营养盐有着基本的需求，一般认为不同种类的浮游微藻对氮 、磷营养盐最适浓度下限有所不同。
其中，ZHU的研究结果表明，浮游微藻对 TIN和 TIP的最适浓度下限分为
此研究发现 ，养殖过程虾池水体中TIN浓度明显高于 79．9μg、L，并未构成对虾养殖水体中的浮游微藻生长和繁殖的限制。
浮游微藻数量与TIN存在一定的负相关性 ，说明在虾池水体中TIN的峰值与浮游微藻繁殖的峰期存在一个时间差 ，即两者含量的变化是动态的，且具有一定的变化规律。
时 ，补充量大于消耗量而造成水体中TIN的的迅速积累，当浮游微藻密度过高时 ，消耗量大于补充量而使得 TIN呈贫瘠状态。
养殖 期间虾池水体约有70％以上的 TIP测定值低于 18.0μg/L，但是虾池中浮游微藻生长和繁殖却未受到限制 ，能长时间维持较高的密度。
主要因为在无机磷和有机磷丰富的介质中，微藻主要吸收无机磷 ，对有机磷几乎不吸收，当无机磷耗竭时 ，微藻也可以吸收有机磷 。
主要因为虾池沉积物的TN和TP是通过微生物降解不断向水体释放营养元素，供微藻生长繁殖 ，其变化与浮游微藻数量无直接关系 ，主要取决于虾池菌群的数量。
养殖早期虾池沉积物中的TN和TP的含量较高 ，且沉积浓度随养殖周期的延长而不断增加 。
因此 ，在对虾养殖过程中不应采用施肥 的措施增加水体中氮、磷含量以达到培养优良藻相 的目的，而应定期施用微生态制剂来减缓沉积物 中 TN和 TP增加的幅度 ，使更多的营养物质释放到水体中，供给浮游微藻利用和提高同化作用。
养殖前虾池清淤与否直接影响着虾池浮游微藻群落结构特征 ，进而反映出水质的优劣程度 。
在整个养殖周期中，养殖前未清淤暴晒的2号虾池浮游微藻群落多样性指数总体水平较低 ，且一直以颤藻为强优势种 ，养殖过程对虾出现各种病症 ，死亡严重 。
主要因为颤藻缺乏蛋白质、氨基酸和脂肪酸 ，在水生食物链上发挥很少的作用 ，并且产生鱼腥藻毒素-a和微囊藻毒素 ，散发难闻的气味，使水质恶化 。
而养殖前进行清淤暴晒的 1、3和 4号虾池浮游微藻优势种多，优势度低 ，多样性指数总体水平较高 ，包含的生态系统信息含量大 ，群落结构稳定 ，对虾生长安全良好。
该试验结果表明，颤藻主要出现在底部淤泥较深的虾池 ，与查广才等调查结果一致。
，通过池塘菌群的降解、转化后 ，可源源不断向水体提供无机磷 ，满足颤藻生长繁殖所需的大量磷源。
因此 ，老化池塘要注意养殖收获后的清淤，更重要的是养殖过程中应定期向养殖水体施放芽孢杆菌、光合细菌等复合微生物改良剂 ，及时降解、转化代谢产物 ，降低养殖池塘底质的老化程度 ，同时，有益菌通过分泌代谢产物以及同颤藻竞争环境中的无机磷 ，可以达到抑制颤藻过度繁殖的目的。
